Ofélia, uma sonhadora com 10 anos, muda-se para Navarra com a sua mãe, grávida e frágil, para conhecer pessoalmente o seu novo padrasto, Capitão Vidal, um oficial fascista com ordens para eliminar os rebeldes do território remoto.

Capitão Vidal instala-se numa velha fábrica. Arrogante e intimidador, não faz qualquer esforço para se aproximar da enteada.
Sozinha, a criança, em busca de companhia, recorre a Mercedes, uma jovem cozinheira que trabalha para as tropas de Vidal.
Ofélia, fascinada por contos de fadas, descobre um grandioso labirinto a desmoronar-se atrás da fábrica.
No centro do labirinto ela conhece Pan, um velho brincalhão que diz saber a verdadeira identidade e o destino secreto de Ofélia.
Ela é uma princesa, a filha desaparecida do Rei das Fadas. Pan oferece-lhe a oportunidade de voltar ao subterrâneo e governar o reino mágico do pai. Mas primeiro, ela deve executar três tarefas antes da lua cheia.

Ninguém pode saber, nem mesmo a mãe doente, nem mesmo a sua nova amiga, Mercedes. E certamente nem o Capitão Vidal que ameaça mandá-la embora.
O tempo está a esgotar-se para a Ofélia e para os rebeldes. Todos terão que combater a crueldade para obterem a liberdade. Mas em quem se pode confiar em tempo de mentiras e perigo?
Estará Pan a contar a verdade? E se não, quem estará?