Lista de contas para permitir um acesso rápido às contas mais frequentes.
Suporte de conexões múltiplas, permitindo assim o download/upload de vários arquivos em paralelo.
Retoma de downloads/uploads interrompidos (dependente do suporte no servidor)
Gestão de filas de ficheiros a transferir com possibilidade de exportar/importar as mesmas.
Suporte para servidores com encriptação (SFTP/SSL/SSH).

Algumas das características mais avançadas:
Suporte para os tipos de proxy mais comuns: http e socks.
Transferências com compressão (dependente do suporte no servidor)
Possibilidade de limitar a taxas de transferência parara os downloads.
Configuração dos programas associados às extensões para abertura dos arquivos.

O FileZilla tem uma interface simples constituída por painéis de navegação para os dados locais, servidor de FTP e apresentação das operações em progresso.
Para quem necessitar de disponibilizar um serviço de FTP, o nível de compatibilidade garantido entre o servidor/cliente é o ideal.